A la suite de la guerre des six jours, qui a pour conséquence l’occupation par Israël de la Cisjordanie et de la Bande de Gaza, la résistance s’organise, aussi bien dans ces deux territoires qu’à partir des Etats arabes voisins. Ahmad al-Shuqayri démissionne de ses fonctions de président de l’OLP. En juillet 1968, le quatrième Congrès national palestinien se réunit. Y sont intégrées les organisations de résistance palestiniennes, qui composent dorénavant l’OLP (dont le Fatah et FPLP). La Charte adoptée en 1964 est amendée, l’accent étant mis sur la lutte armée afin de libérer la Palestine et de mettre en place un Etat palestinien sur toute la Palestine historique, ce qui implique la destruction de l’Etat d’Israël. Cette orientation militaire est celle prônée par le Fatah, majoritaire au sein de l’OLP. Yasser Arafat en devient le président lors du cinquième Congrès national palestinien qui se tient du 2 au 4 février 1969. L’OLP met en place des services à la population : santé, enseignement, gestion des fonds palestiniens et dons aux familles palestiniennes. Il reconnaît également l’existence du peuple palestinien.