Le 14 novembre 1980, Vieira renverse le gouvernement de Luís Cabral par un coup d’État militaire sans effusion de sang. La Constitution est suspendue et un Conseil militaire de neuf membres de la révolution présidé par Vieira est installé.

Il choisit de rompre avec la politique de Luis Cabral et oriente le pays vers une économie libérale. Il abandonne également les idéaux panafricanistes issus de la guerre de libération contre la colonisation portugaise. Des plans d’ajustements structurels sont engagés, entrainant la chute de la valeur du peso et une augmentation du coût de la vie3.

Il lui a été reproché d’encourager la xénophobie à l’égard des Cap-verdiens afin de conforter son pouvoir, et les séparant politiquement de leur pays, créant le PAIGCV. Fortement contesté à l’intérieur du PAIGC, il dirigea plusieurs purges visant ses opposants.

Après une tentative échouée de coup d’État contre le gouvernement en juin 1998, le pays tombe dans une brève mais violente guerre civile entre les forces restées fidèles à Vieira et celles du chef rebelle Ansumane Mané. Les rebelles renversent finalement le gouvernement de João Vieira le 7 mai 1999. Il se réfugie à l’ambassade portugaise avant de s’exiler au Portugal.