L’ « État islamique d’Irak » est créé le 13 octobre 2006,par le Conseil consultatif des moudjahidines en Irak (une alliance de groupes armés djihadistes dont fait partie Al-Qaïda en Irak) et cinq autres groupes djihadistes irakiens, avec une trentaine de tribus sunnites représentant environ 70 % de la population de la province d’al-Anbar (ouest de l’Irak).

Progressivement, la branche irakienne d’Al-Qaïda est absorbée dans l’État islamique ; son chef, Abou Hamza al-Mouhajer, prête d’ailleurs serment d’allégeance à Abou Omar al-Baghdadi, émir de l’État islamique d’Irak. En 2007, Ayman al-Zaouahiri annonce qu’« Al-Qaïda en Irak n’existe plus ». Les combattants de ce mouvement ont rejoint pour la plupart l’État islamique d’Irak.